Den faglege aktiviteten ved Norges idrettshøgskole (NIH) er organisert i fem fagseksjonar:

- Seksjon for fysisk prestasjonsevne

- Seksjon for coaching og psykologi

- Seksjon for kultur og samfunn

- Seksjon for idrettsmedisinske fag

- Seksjon for kroppsøving og pedagogikk

Fagseksjonane er underlagt rektor og har leiarar tilsett på åremål med eit heilskapleg fagleg og administrativt ansvar.

NIH omfattar også Senter for idrettsskadeforskning og Forskningssenter for trening og prestasjon.

I tillegg kjem Forsvarets institutt som er eit samarbeid mellom NIH og Forsvaret. 

Den administrative aktiviteten ved Norges idrettshøgskole er leia av administrerande direktør Lise Sofie Woie. Administrasjonen er delt inn i seks avdelingar:

- Personal – og økonomiavdelinga

- Eigedomsavdelinga

- Studieavdelinga, herunder Senter for etter – og vidareutdanning

- Avdeling for forsking og bibliotek

- Kommunikasjonsavdelinga

- IKT- avdelinga